一項國際合作揭示了從樹木到鳳頭鸚鵡再到深海珊瑚等瀕危物種的遺傳秘密。
胡桃松軟油潤，淡淡的核桃香味在舌尖縈繞。盡管味道獨特，但很少有美國人品嘗過這種瀕臨滅絕的本土植物?，F(xiàn)在，康涅狄格大學(xué)的本科生發(fā)表了第一張G3不尋常樹DNA的完整圖譜。
更大的使命：保護(hù)生物多樣性
為了在被忽視的瀕危物種消失之前記錄它們的 DNA，白胡桃只是一項雄心勃勃的努力中的第一個。康涅狄格大學(xué)系統(tǒng)基因組研究所的生物多樣性和保護(hù)基因組團(tuán)隊正在對南瓜灰、深海鋸齒形珊瑚和紅鳳頭鸚鵡等其他一些生物的基因進(jìn)行徹底測序。該項目為本科生提供一整年的培訓(xùn)，學(xué)習(xí)如何測序、重建和描述單個物種的完整遺傳密碼。
該團(tuán)隊的其他成員包括 Oxford Nanopore Technologies 和系統(tǒng)基因組學(xué)研究所 (ISG) 的科學(xué)家。研究特定物種的學(xué)生還與實地人員合作做出恢復(fù)和保護(hù)決策。對于白胡桃，這包括美國農(nóng)業(yè)部林務(wù)局。
他們正在測序的所有生物體的共同點是，它們都是瀕臨滅絕的物種，沒有主要農(nóng)業(yè)、醫(yī)學(xué)或科學(xué)用途的歷史。
物種一瞥
例如，胡桃核桃(Juglans cinerea)是一種原產(chǎn)于北美的核桃，看起來與黑胡桃相似，但堅果細(xì)長，非常油膩。有時人們會采集它的油，或收獲它的木材。胡桃樹現(xiàn)在正在消失，因為一種從亞洲進(jìn)口的真菌殺死了它們，少數(shù)幸存者往往不是純胡桃，而是日本核桃的雜交種，日本核桃很容易與胡桃雜交，并且具有一定的真菌抗性。南瓜灰是被白蠟螟昆蟲殺死的 16 種北美白蠟之一。由于棲息地喪失和寵物偷獵，紅喉鳳頭鸚鵡受到嚴(yán)重威脅。深海珊瑚受到海洋酸化的威脅，這威脅到它們制造碳酸鈣骨骼的能力。
其中許多生物體尚未得到充分的科學(xué)研究。直到最近，對生物體的 DNA 進(jìn)行測序仍然極其耗時且成本高昂。通常，整個生物體家族都沒有參考基因組或其遺傳密碼的完整序列。
“深海珊瑚基因組極其稀疏。5000個物種中有兩個已出版!這可能是第三個，”ISG 主任兼基因組生物學(xué)家 Rachel O'Neill 說，她是該項目的聯(lián)合研究員。
深海珊瑚基因組特別有趣，因為深水就像海洋酸化一樣，使珊瑚很難從水中獲取碳酸鈣，但深海珊瑚無論如何都能做到這一點。了解哪些基因使這成為可能也可以幫助我們了解淺水珊瑚如何在酸化中生存。
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