創(chuàng)建工程微生物數(shù)字指紋的基于云的存儲庫已成功試用。
由紐卡斯?fàn)柎髮W(xué)領(lǐng)導(dǎo)的一個國際團(tuán)隊(duì)推出了 CellRepo，這是一個物種和菌株數(shù)據(jù)庫，它使用細(xì)胞條形碼來監(jiān)測和跟蹤工程生物。該數(shù)據(jù)庫在《自然通訊》雜志的一項(xiàng)新研究中報道，該數(shù)據(jù)庫跟蹤和組織細(xì)胞工程過程中產(chǎn)生的數(shù)字?jǐn)?shù)據(jù)。它還將這些數(shù)據(jù)與相關(guān)的活體樣本進(jìn)行分子鏈接。
該資源可在全球范圍內(nèi)使用，支持國際合作并具有顯著的安全優(yōu)勢，例如通過更快地追蹤生物實(shí)驗(yàn)室的起源和設(shè)計細(xì)節(jié)來限制故意或意外釋放的轉(zhuǎn)基因微生物的影響。
CellRepo 建立在版本控制之上，這是一個來自軟件工程的概念，用于記錄和跟蹤軟件代碼的更改?？茖W(xué)家們認(rèn)為，細(xì)胞工程的版本控制將使工程生物學(xué)更加開放、可重復(fù)、更易于追蹤和共享，并且更值得信賴。
研究團(tuán)隊(duì)強(qiáng)調(diào)了這種社區(qū)資源的其他好處，例如可追溯性——為菌株提供準(zhǔn)確的文件并正確地記入實(shí)驗(yàn)室工作。該數(shù)據(jù)庫還通過更容易跟蹤和分配所有權(quán)來將責(zé)任放在焦點(diǎn)上。
通過訪問全球數(shù)據(jù)庫，研究人員將能夠更輕松地重現(xiàn)結(jié)果并進(jìn)行協(xié)作?？茖W(xué)家們還認(rèn)為，存儲庫將提高透明度并降低與數(shù)據(jù)和??源代碼丟失相關(guān)的成本。
主要作者，紐卡斯?fàn)柎髮W(xué)計算機(jī)科學(xué)與合成生物學(xué)教授 Natalio Krasnogor 說：“工程生物學(xué)不是火箭科學(xué)。它要困難得多。因此，我們必須更加公開地去做。 CellRepo 的核心是一個協(xié)作平臺，細(xì)胞工程師可以在其中記錄他們的工作并與他人(在他們自己的實(shí)驗(yàn)室或更廣泛地)共享。通過實(shí)現(xiàn)更多的協(xié)作和無縫共享工程菌株，我們希望為每個人加速和改進(jìn)合成生物學(xué)過程和報告。CellRepo 是一個社區(qū)資源，因此我們邀請工程生物學(xué)家、合成生物學(xué)家、生物技術(shù)專家和生命科學(xué)家更普遍地嘗試它并與我們?nèi)〉寐?lián)系，以便我們知道什么有效，什么需要改進(jìn)!”
在我的項(xiàng)目中，我總是遇到一些錯誤識別問題。幸運(yùn)的是，我能夠盡早找到它們并解決它們，但我無法想象有多少好的項(xiàng)目因此而失敗或停滯不前。作為一名生物學(xué)家，我的其他一些時間用于追溯構(gòu)建我使用的質(zhì)粒和菌株的歷史。我可能會從某人那里獲得遺傳材料，但原作者是誰?有時我很幸運(yùn)，它只是一張紙，有時它可能會在 80 年代結(jié)束。CellRepo 為實(shí)驗(yàn)者解決了這些和其他重要問題。"
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