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機(jī)器學(xué)習(xí)模型使用臨床和基因組數(shù)據(jù)來(lái)預(yù)測(cè)免疫治療效果

導(dǎo)讀 克利夫蘭 -克利夫蘭診所的Timothy Chan 醫(yī)學(xué)博士和同事開(kāi)發(fā)的一種新機(jī)器學(xué)習(xí)模型可以準(zhǔn)確預(yù)測(cè)免疫檢查點(diǎn)阻斷 (ICB),一種不斷增長(zhǎng)的免

克利夫蘭 -克利夫蘭診所的Timothy Chan 醫(yī)學(xué)博士和同事開(kāi)發(fā)的一種新機(jī)器學(xué)習(xí)模型可以準(zhǔn)確預(yù)測(cè)免疫檢查點(diǎn)阻斷 (ICB),一種不斷增長(zhǎng)的免疫治療藥物,是否對(duì)診斷出患有多種癌癥的患者有效.

該預(yù)測(cè)工具評(píng)估多個(gè)患者特定的生物學(xué)和臨床因素,以預(yù)測(cè)對(duì)免疫檢查點(diǎn)抑制劑的反應(yīng)程度和生存結(jié)果。根據(jù)發(fā)表在《自然生物技術(shù)》上的研究結(jié)果,它明顯優(yōu)于迄今為止開(kāi)發(fā)的單個(gè)生物標(biāo)志物或其他變量組合。

通過(guò)進(jìn)一步驗(yàn)證,該工具可以幫助腫瘤學(xué)家更好地識(shí)別最有可能從 ICB 中受益的患者。在治療前識(shí)別 ICB 無(wú)效的患者可以減少不必要的費(fèi)用和潛在副作用的暴露。它還可能表明需要尋求替代治療策略,例如聯(lián)合治療。

“了解患者最適合哪種治療方式很重要,”克利夫蘭診所免疫治療和精準(zhǔn)免疫腫瘤學(xué)中心主任陳博士說(shuō)。“我們的模型可以更全面地了解患者對(duì)免疫檢查點(diǎn)阻斷反應(yīng)的多樣性。這是第一個(gè)組裝如此大規(guī)模的臨床和基因組變量,這些變量對(duì)多種癌癥類型的免疫治療具有預(yù)測(cè)價(jià)值。”

這些最新發(fā)現(xiàn)建立在 Chan 博士早期工作的基礎(chǔ)上,他發(fā)現(xiàn)具有高腫瘤突變負(fù)荷和 DNA 修復(fù)缺陷的患者對(duì)免疫檢查點(diǎn)治療反應(yīng)良好。這些發(fā)現(xiàn)已通過(guò)臨床試驗(yàn)驗(yàn)證,并且 FDA 批準(zhǔn)了任何癌癥治療的第一個(gè)腫瘤類型不可知批準(zhǔn)。

免疫檢查點(diǎn)是特定免疫細(xì)胞 (T 細(xì)胞) 上的蛋白質(zhì),當(dāng)它們被激活或“開(kāi)啟”時(shí),可防止免疫反應(yīng)過(guò)于強(qiáng)烈并破壞健康細(xì)胞。一些癌細(xì)胞能夠劫持檢查點(diǎn)信號(hào)以偽裝自己并避免成為患者免疫系統(tǒng)的目標(biāo)。檢查點(diǎn)抑制劑是一類免疫治療藥物,可防止癌細(xì)胞激活這些檢查點(diǎn)。

然而,ICB 并非對(duì)所有癌癥類型都有效。即使在對(duì) ICB 有反應(yīng)的癌癥中,接受 ICB 治療的所有患者中有一半或更多沒(méi)有獲得臨床益處。先前的研究已經(jīng)確定了一些與 ICB 療效相關(guān)的生物標(biāo)志物和基因組特征,但沒(méi)有一個(gè)因素可以被視為治療結(jié)果的最佳預(yù)測(cè)因子。

在這項(xiàng)研究中,陳博士和他的同事使用一個(gè)數(shù)據(jù)集開(kāi)發(fā)了他們的模型,該數(shù)據(jù)集包含來(lái)自近 1,500 名患有 16 種不同癌癥類型的患者的臨床、腫瘤和基因測(cè)序信息,這些患者接受了兩種不同類型的免疫檢查點(diǎn)抑制劑(特別是 PD-1/ PD-LI 抑制劑和 CTLA-4 阻斷)或兩者的組合。然后,他們應(yīng)用了一種算法,該算法結(jié)合了許多遺傳、分子、臨床和人口統(tǒng)計(jì)學(xué)變量,其中一些已被證明與 ICB 反應(yīng)相關(guān)。

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