蛇和蜥蜴是穿山甲目的爬行動物。它們有幾個共同的特征，但在一個明顯的方面有所不同：蛇沒有四肢。這兩個子序列在一億多年前就開始分化了。
鑒定參與這種肢體缺失的遺傳因素是文章《Julinian Gusson Roscito和Nature Communications的合作者發(fā)表的文章》的重點“表型缺陷與進化中基因調(diào)控景觀的廣泛分歧有關(guān)”。
這篇文章的另一個同樣有趣的焦點是一些地下哺乳動物的眼睛退化。
“我們研究這兩個案例是為了了解更普遍的過程，即進化過程中基因組的變化是如何導(dǎo)致表型變化的，”Roscito說。
羅斯基托目前是德國德累斯頓馬克斯普朗克分子細胞生物學(xué)和遺傳學(xué)研究所的研究員。他曾在巴西擔(dān)任博士后研究員，并在圣保羅研究基金會-FAPESP的支持下在國外實習(xí)。她的博士后獎學(xué)金與主題項目“新熱帶爬行動物和兩棲動物的地理比較系統(tǒng)、系統(tǒng)發(fā)生、古氣候模擬和分類學(xué)”有關(guān)，其中米格爾特雷福特烏爾班諾羅德里格斯是FAPESP生物區(qū)系FAPESP生物多樣性表征和保護研究項目的主要研究員。
羅德里格斯是巴西圣保羅大學(xué)生物科學(xué)研究所(IB-USP)的正教授，負責(zé)監(jiān)督rossitto的博士后研究。他也是最近發(fā)表的文章的合著者。
“這項研究包括調(diào)查幾種脊椎動物的基因組，包括識別僅在蛇或地下哺乳動物中發(fā)生變化，但在其他沒有失去四肢或正常眼睛的物種中保持不變的基因組區(qū)域，”Roscito說。
在視覺系統(tǒng)退化的哺乳動物中，我們知道有幾個基因已經(jīng)丟失，比如與眼睛晶狀體和視網(wǎng)膜感光細胞相關(guān)的基因。這些基因在進化過程中經(jīng)歷了突變。最終，它們完全失去了功能，也就是編碼蛋白質(zhì)的能力。但這并不是發(fā)生在蛇身上的情況，蛇沒有失去與肢體形成相關(guān)的基因。更準(zhǔn)確地說，對一條蛇的基因組進行測序的研究確實發(fā)現(xiàn)了一個基因的缺失，但只是一個。因此，我們在研究中選擇的方法不是研究基因，而是研究調(diào)節(jié)基因表達的元素。
基因表達依賴于基因所含信息的調(diào)節(jié)元件被轉(zhuǎn)錄成RNA(核糖核酸)，然后轉(zhuǎn)化成蛋白質(zhì)。這一過程受順式調(diào)節(jié)元件(CREs)的調(diào)節(jié)，CreS是它們所調(diào)節(jié)的基因附近的DNA中的核苷酸序列。CREs控制著基因表達的時空和數(shù)量模式。
“調(diào)節(jié)元件可以激活或抑制某個基因在生物體某個部位(如四肢)的表達，而不同的調(diào)節(jié)元件可以激活或抑制同一基因在不同部位的表達。例如，如果基因丟失，它將不再在兩個地方表達，這往往會對生物體的形成產(chǎn)生負面影響。
然而，如果只有一個調(diào)控元件缺失，表達可能在一個部分消失，在另一個部分保守，”Roscito解釋說。
泰古蜥蜴
從計算的角度來看，CREs不像基因那樣容易識別?；蛴幸粋€特征語法，堿基對顯示基因的起始和終止位置。CRE不是這樣，所以必須間接識別。這種鑒定通?；谠S多不同物種的DNA序列的保守性。
“為了檢測蛇體內(nèi)特定序列的差異，有必要將蛇的基因組與各種爬行動物和其他發(fā)育完全的脊椎動物的基因組進行比較。四肢發(fā)育良好的爬行動物的基因組序列很少，因此我們對全肢蜥蜴tegu (Salvator merianae)的基因組進行了測序和組裝。這是有史以來第一個teiid譜系物種測序，”作者說。
“以tegu基因組為參考，我們創(chuàng)建了幾個物種的基因組比較，包括兩條蛇(蟒蛇和蟒蛇)、另外三種有四肢的爬行動物(綠蜥蜴、龍蜥蜴和壁虎)、三只鳥、鱷魚、三只烏龜、14種哺乳動物、一只青蛙和一只腔棘魚。這29個基因組的比對被用作所有進一步分析的基礎(chǔ)。”
研究人員已經(jīng)確定了5000多個脫氧核糖核酸區(qū)域，這些區(qū)域被認為是幾個物種中的候選調(diào)節(jié)元件。然后，他們用文中詳細描述的巧妙技術(shù)方案搜索了大型數(shù)據(jù)庫，獲得了一組CRE，其突變可能導(dǎo)致蛇的祖先四肢消失。
“一些研究涉及一個眾所周知的調(diào)節(jié)因子，它調(diào)節(jié)一個基因，當(dāng)它被修飾時，會導(dǎo)致肢體的各種缺陷。蛇在這個CRE中有突變。在2016年發(fā)表的一項研究中，老鼠CRE被蛇蟲取代，這是可能導(dǎo)致蛇斷肢機制的功能證明。然而，這種CRE只是控制肢體形成的幾個基因之一的調(diào)節(jié)元件之一，”Roscito說。
“我們的研究擴大了一批cre。我們發(fā)現(xiàn)，其他負責(zé)調(diào)節(jié)許多基因的調(diào)節(jié)元件在蛇中發(fā)生了突變。簽名更全面。整個信號級聯(lián)受到影響?！?
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