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研究人員在威脅生命的真菌病中追蹤遺傳因子

導(dǎo)讀 大自然有一種巧妙的方式來利用有利的情況。以念珠菌為例。這種酵母直到2009年才為人所知,但當(dāng)科學(xué)家得知它正在對(duì)醫(yī)院和護(hù)理機(jī)構(gòu)的患者造成

大自然有一種巧妙的方式來利用有利的情況。以念珠菌為例。這種酵母直到2009年才為人所知,但當(dāng)科學(xué)家得知它正在對(duì)醫(yī)院和護(hù)理機(jī)構(gòu)的患者造成危及生命的侵入性感染時(shí),它突然出現(xiàn)了。2019年,耳念珠菌的危險(xiǎn)非常嚴(yán)重,以至于美國疾病控制與預(yù)防中心將其列為嚴(yán)重的全球健康威脅,理由是酵母菌的傳播及其對(duì)多種抗真菌藥物的耐藥性。

上個(gè)月,美國疾病控制與預(yù)防中心報(bào)告說,在美國近一半的州都發(fā)現(xiàn)了耳念珠菌

那么,一種簡(jiǎn)單的、未知的酵母菌是如何突然成為公眾健康的敵人的呢?愛荷華大學(xué)的生物學(xué)家說,部分答案存在于編碼粘性或粘附素的基因家族中,這些粘附素似乎是真菌疾病毒力的核心,包括一些威脅人類的疾病。

在一項(xiàng)新的研究中,研究人員報(bào)告了一個(gè)這樣的粘附素家族,稱為Hil家族,它存在于所有酵母物種的共同祖先中,但在致病物種中的數(shù)量要多于良性物種。此外,研究人員發(fā)現(xiàn),一些具有大Hil基因家族的致病物種是遠(yuǎn)親,這表明具有大Hil家族的每個(gè)物種獨(dú)立進(jìn)化出家族規(guī)模,而不是將基因傳遞下去。

“我們發(fā)現(xiàn)這個(gè)基因家族通過基因復(fù)制特異性地反復(fù)擴(kuò)展,”生物學(xué)系助理教授、該研究的共同通訊作者BinHe說。“此外,它們的序列在復(fù)制后迅速進(jìn)化,可能產(chǎn)生功能多樣性,使酵母能夠適應(yīng)復(fù)雜的宿主環(huán)境。”

適應(yīng)元素是關(guān)鍵:Hil基因可能編碼使生物體變得粘附的蛋白質(zhì)。更具體地說,這些蛋白質(zhì)通過其結(jié)構(gòu)幫助酵母細(xì)胞粘附在宿主組織和無生命表面(如導(dǎo)管)上,并將自身縫合在一起,就像互鎖的樂高積木一樣,形成幾乎無法穿透的抗藥性壁,稱為生物膜.

人們可以說,這是最好的或最邪惡的自然選擇。Hil基因在許多其他酵母物種中不存在或不活躍,例如面包酵母,它們實(shí)際上對(duì)人類有益(假設(shè)人們喜歡面包)。但研究人員發(fā)現(xiàn),在致病性物種中,Hil(Hyr/Iff-like的縮寫)家族非常活躍并且健康,造成了其粘附性破壞。

“這就是趨同進(jìn)化,”他說。“你找到了在環(huán)境利基市場(chǎng)取得成功的方法。”

研究人員對(duì)粘附素家族中的蛋白質(zhì)進(jìn)行了測(cè)序,并搜索了所有其他生物體——包括植物、動(dòng)物和細(xì)菌王國——以找出是否有任何其他物種具有相似的蛋白質(zhì)序列。他們只在一個(gè)地方發(fā)現(xiàn)了Hil基因家族,即真菌界的一部分酵母菌綱。

分析揭示了另一個(gè)重要線索:從分類學(xué)上講,希爾家族突然出現(xiàn)在沒有近親的物種中。例如,Hil家族在耳念珠菌和另一種致病物種白色念珠菌中存在并活躍。但是,當(dāng)研究人員針對(duì)每個(gè)物種觀察更密切相關(guān)的物種時(shí),Hil基因數(shù)量很低,或者根本不存在。

“這就是平行或獨(dú)立進(jìn)化的想法,”他說。“基本上,這些基因達(dá)到了相同的最終狀態(tài),不是通過下降,也不是通過遺傳,而是通過獨(dú)立進(jìn)化。它們都走了相似的進(jìn)化路徑。”

該研究本身源于愛荷華州的研究生生物信息學(xué)課程。2019年秋季,該課程的講師將課程重點(diǎn)放在耳念珠菌上,最近對(duì)它的5,000個(gè)基因基因組進(jìn)行了測(cè)序。一個(gè)學(xué)生小組決定調(diào)查耳念珠菌對(duì)粘性的嗜好。

這是一個(gè)明智而富有成果的選擇。

“我們根據(jù)我們認(rèn)為可能與使真菌病原體變得粘稠有關(guān)的關(guān)鍵字域選擇蛋白質(zhì),并提出了這組粘附素,”班上的學(xué)生LindseySnyder解釋說,他正在攻讀遺傳學(xué)博士學(xué)位。愛荷華州。“當(dāng)時(shí),我們正在研究的基因組中報(bào)告了兩個(gè)小的粘附素家族,所以一旦我們意識(shí)到這個(gè)(Hil)家族有多大,我們就非常確定我們發(fā)現(xiàn)了一些在這個(gè)物種中尚未被表征的東西”

生物學(xué)系教授揚(yáng)·法斯勒(JanFassler)于2013年與生物學(xué)副教授阿爾伯特·埃里夫斯(AlbertErives)一起構(gòu)思了這門課程,他說,講師會(huì)選擇文獻(xiàn)中的新基因組,并具有有趣的生物學(xué)屬性。

“我們選擇了最近測(cè)序的基因組,這樣之前的調(diào)查就會(huì)很少,從而讓學(xué)生感覺他們(并且他們正在)做出新發(fā)現(xiàn),”生物醫(yī)學(xué)科學(xué)項(xiàng)目主任和共同通訊作者Fassler說。在學(xué)習(xí)上。

接下來,研究人員想通過實(shí)驗(yàn)具體研究Hil家族如何讓耳念珠菌變得粘附。這將推動(dòng)研究超越識(shí)別所涉及的基因,并可能導(dǎo)致醫(yī)學(xué)進(jìn)步。

“這是希望:我們已經(jīng)確定了一個(gè)基因家族,它可能在發(fā)病機(jī)制中發(fā)揮重要作用,并且僅限于這組真菌。如果我們能弄清楚如何抑制它,這可能是一個(gè)藥物靶點(diǎn),”He說。

這項(xiàng)名為“病原酵母中粘附素家族的平行擴(kuò)張和分化”的研究發(fā)表在《遺傳學(xué)》雜志上。

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