華盛頓特區(qū)- 2021年6月15日-廢水的病毒基因組測序可以提供新興的SARS2變體是獨立的鑒定臨床病例調(diào)查的早期預警系統(tǒng)，根據(jù)公布的一項新的研究mSystems，一個開放訪問美國微生物學會雜志。在這項研究中，研究人員描述了變體 B.1.1.7 的檢測和量化，該變體首先在英格蘭東南部發(fā)現(xiàn)，在來自英國倫敦的污水樣本中，此變體在臨床病例中廣泛傳播之前是顯而易見的。
“廢水采樣和環(huán)境監(jiān)測可以讓您快速準確地了解在人群中發(fā)生的情況。大多數(shù)被感染但沒有表現(xiàn)出癥狀的人沒有接受病毒檢測。廢水采樣可以為您提供所有人的信息，包括沒有癥狀的個體，因此它更好地反映了病毒在人類中的傳播，”研究首席研究員哈維爾·馬丁博士說，他是美國國家生物標準和控制研究所病毒學部的生物學家，位于波特斯酒吧的南米姆斯，英國赫特福德郡 “環(huán)境采樣和病毒基因組測序提供了關于人類病毒傳播模式、不同變體如何隨時間占主導地位以及菌株優(yōu)勢如何發(fā)生變化的偏見較少的圖片。”
在這項新研究中，為了評估環(huán)境監(jiān)測對 SARS-CoV-2 檢測的價值，研究人員分析了 2020 年 1 月 14 日至 2021 年 1 月 26 日期間在倫敦收集的污水樣本中是否存在 SARS-CoV-2。他們必須將 SARS-CoV-2 遺傳信號與人們每天排泄的數(shù)十億細菌和病毒區(qū)分開來。“當我們收到樣本時，我們使用標準方法對其進行濃縮，然后我們使用針對基因組不同區(qū)域的 PCR 擴增和下一代測序來檢測不同已知變體的不同遺傳特征，”馬丁博士說。
研究人員首先在 2020 年 11 月上旬的樣本中檢測到變異 B.1.1.7，比首次通過臨床監(jiān)測發(fā)現(xiàn)的幾周前，發(fā)現(xiàn)污水中檢測到的 B.1.1.7 突變頻率迅速增加到 >95 % 2021 年 1 月，根據(jù)與 B.1.1.7 病毒相關的 SARS-CoV-2 感染的增加。
“在這里，我們展示了如何使用 SARS-CoV-2 的環(huán)境監(jiān)測來幫助我們了解病毒傳播模式，并提供有關變異在人群中流行的早期預警，”馬丁博士說。“我們將繼續(xù)監(jiān)測不同的變異，重點關注那些具有潛在高傳染性和/或免疫逃避特性的變異。我們的結(jié)果有助于更好地控制流行病，并在必要時改變疫苗設計。”
標簽： 廢水測序
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