華盛頓特區(qū)- 2021年6月15日-廢水的病毒基因組測(cè)序可以提供新興的SARS2變體是獨(dú)立的鑒定臨床病例調(diào)查的早期預(yù)警系統(tǒng)，根據(jù)公布的一項(xiàng)新的研究mSystems，一個(gè)開(kāi)放訪問(wèn)美國(guó)微生物學(xué)會(huì)雜志。在這項(xiàng)研究中，研究人員描述了變體 B.1.1.7 的檢測(cè)和量化，該變體首先在英格蘭東南部發(fā)現(xiàn)，在來(lái)自英國(guó)倫敦的污水樣本中，此變體在臨床病例中廣泛傳播之前是顯而易見(jiàn)的。
“廢水采樣和環(huán)境監(jiān)測(cè)可以讓您快速準(zhǔn)確地了解在人群中發(fā)生的情況。大多數(shù)被感染但沒(méi)有表現(xiàn)出癥狀的人沒(méi)有接受病毒檢測(cè)。廢水采樣可以為您提供所有人的信息，包括沒(méi)有癥狀的個(gè)體，因此它更好地反映了病毒在人類(lèi)中的傳播，”研究首席研究員哈維爾·馬丁博士說(shuō)，他是美國(guó)國(guó)家生物標(biāo)準(zhǔn)和控制研究所病毒學(xué)部的生物學(xué)家，位于波特斯酒吧的南米姆斯，英國(guó)赫特福德郡 “環(huán)境采樣和病毒基因組測(cè)序提供了關(guān)于人類(lèi)病毒傳播模式、不同變體如何隨時(shí)間占主導(dǎo)地位以及菌株優(yōu)勢(shì)如何發(fā)生變化的偏見(jiàn)較少的圖片。”
在這項(xiàng)新研究中，為了評(píng)估環(huán)境監(jiān)測(cè)對(duì) SARS-CoV-2 檢測(cè)的價(jià)值，研究人員分析了 2020 年 1 月 14 日至 2021 年 1 月 26 日期間在倫敦收集的污水樣本中是否存在 SARS-CoV-2。他們必須將 SARS-CoV-2 遺傳信號(hào)與人們每天排泄的數(shù)十億細(xì)菌和病毒區(qū)分開(kāi)來(lái)。“當(dāng)我們收到樣本時(shí)，我們使用標(biāo)準(zhǔn)方法對(duì)其進(jìn)行濃縮，然后我們使用針對(duì)基因組不同區(qū)域的 PCR 擴(kuò)增和下一代測(cè)序來(lái)檢測(cè)不同已知變體的不同遺傳特征，”馬丁博士說(shuō)。
研究人員首先在 2020 年 11 月上旬的樣本中檢測(cè)到變異 B.1.1.7，比首次通過(guò)臨床監(jiān)測(cè)發(fā)現(xiàn)的幾周前，發(fā)現(xiàn)污水中檢測(cè)到的 B.1.1.7 突變頻率迅速增加到 >95 % 2021 年 1 月，根據(jù)與 B.1.1.7 病毒相關(guān)的 SARS-CoV-2 感染的增加。
“在這里，我們展示了如何使用 SARS-CoV-2 的環(huán)境監(jiān)測(cè)來(lái)幫助我們了解病毒傳播模式，并提供有關(guān)變異在人群中流行的早期預(yù)警，”馬丁博士說(shuō)。“我們將繼續(xù)監(jiān)測(cè)不同的變異，重點(diǎn)關(guān)注那些具有潛在高傳染性和/或免疫逃避特性的變異。我們的結(jié)果有助于更好地控制流行病，并在必要時(shí)改變疫苗設(shè)計(jì)。”
標(biāo)簽： 廢水測(cè)序
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