下呼吸道感染 (LRTI) 包括肺炎等疾病，長期以來一直是傳染性病原體導(dǎo)致死亡的主要原因，也是全世界兒童死亡的主要原因。但是，盡管 LRTI 很普遍，但醫(yī)生很難有效地治療 LRTI，因為目前的診斷方法往往無法最終確定是否存在感染，如果存在，是什么病原體引起的。
現(xiàn)在，在《臨床研究雜志》上發(fā)表的一項研究中，由陳扎克伯格舊金山生物中心 (CZ Biohub SF)、加州大學(xué)舊金山分校 (UCSF)、科羅拉多大學(xué)安舒茨醫(yī)學(xué)院和科羅拉多大學(xué)的研究人員領(lǐng)導(dǎo)的團隊阿肯色醫(yī)學(xué)科學(xué) (UAMS)/阿肯色兒童研究所 (ACRI) 描述了一種用于嚴重呼吸衰竭兒童 LRTI 診斷的新方法。
該方法將機器學(xué)習(xí)應(yīng)用于從插管兒童肺液中獲得的宏基因組測序數(shù)據(jù)，以非常高的準確性診斷兒科 LRTI 并確定其原因，遠遠超過目前的技術(shù)。
在黑暗中拍攝
LRTI 可能由多種細菌、病毒或真菌病原體引起，但無論罪魁禍首如何，感染的癥狀在臨床上都相似，甚至難以與非感染性呼吸道疾病區(qū)分開來。CZ Biohub SF 和 UCSF 的生物信息學(xué)科學(xué)家、該研究的主要作者之一 Eran Mick 說，由于現(xiàn)有診斷的局限性，醫(yī)生在制定有效的治療計劃時經(jīng)常在“戰(zhàn)爭迷霧”下工作。
目前的診斷通常依賴于培養(yǎng)肺液樣本中的細菌，這很耗時，而且并不總能正確識別導(dǎo)致問題的細菌種類。這些測試通常會產(chǎn)生假陰性結(jié)果或檢測到實際上并未引起疾病的偶然微生物。
“在超過一半的病例中，導(dǎo)致感染的實際微生物未被識別，”通訊作者、CZ Biohub SF 研究員和加州大學(xué)舊金山分校傳染病科醫(yī)學(xué)副教授 Chaz Langelier 說。“結(jié)果是給予的治療不一定針對導(dǎo)致問題的原因。”
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