一組研究人員開發(fā)了一種名為 DANGER(通過(guò) RNA 測(cè)序評(píng)估的有害和可預(yù)期指南)分析的軟件工具，該工具為所有具有轉(zhuǎn)錄組的生物體中更安全的基因組編輯設(shè)計(jì)提供了一種方法。大約十年來(lái)，研究人員一直使用 CRISPR 技術(shù)進(jìn)行基因組編輯。然而，CRISPR的使用也存在一些挑戰(zhàn)。DANGER 分析克服了這些挑戰(zhàn)，使研究人員能夠在沒(méi)有參考基因組的情況下進(jìn)行更安全的靶向和脫靶評(píng)估。它具有在醫(yī)學(xué)、農(nóng)業(yè)和生物研究方面的應(yīng)用潛力。
他們的研究成果于 2023 年 8 月 23 日發(fā)表在《生物信息學(xué)進(jìn)展》雜志上。
基因組編輯或基因編輯是指允許研究人員改變生物體基因組 DNA 的技術(shù)。借助這些技術(shù)，研究人員可以添加、刪除或改變基因組中的遺傳物質(zhì)。
CRISPR-Cas9是眾所周知的基因編輯技術(shù)。它因比其他類似技術(shù)更準(zhǔn)確、更快且更便宜而享有盛譽(yù)。然而，使用 CRISPR 技術(shù)進(jìn)行基因編輯面臨著一些挑戰(zhàn)。第一個(gè)挑戰(zhàn)是意外的 CRISPR 動(dòng)力學(xué)引起的表型或可觀察的效應(yīng)沒(méi)有得到定量監(jiān)測(cè)。
第二個(gè)挑戰(zhàn)是CRISPR技術(shù)通常依賴于基礎(chǔ)基因組數(shù)據(jù)，包括參考基因組。參考基因組就像一個(gè)模板，為研究人員提供基因組的一般信息?？赡軙?huì)發(fā)生意外的不匹配序列編輯。這些偏離目標(biāo)的網(wǎng)站總是出乎意料。因此，研究人員需要一種方法來(lái)觀察實(shí)際的基因組序列并限制潛在的脫靶效應(yīng)。
基因組編輯的設(shè)計(jì)需要充分表征的基因組序列。然而，患者、癌癥和未知生物體的基因組信息通常是不完整的。”
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