萊斯大學(xué)的計(jì)算機(jī)科學(xué)家將充分利用新技術(shù)對(duì)單個(gè)細(xì)胞的基因組進(jìn)行測(cè)序并破譯腫瘤中的奧秘。
Luay Nakhleh 最近被任命為賴斯布朗工程學(xué)院的威廉和斯蒂芬妮病院長(zhǎng)，他獲得了一項(xiàng)為期四年、價(jià)值 120 萬(wàn)美元的國(guó)家科學(xué)基金會(huì)資助，用于分析單個(gè)癌細(xì)胞集落中的基因組，以發(fā)現(xiàn)不僅是疾病的根源，以及隨著腫瘤的生長(zhǎng)它們?nèi)绾螐囊粋€(gè)細(xì)胞進(jìn)化到另一個(gè)細(xì)胞。
Nakhleh 也是計(jì)算機(jī)科學(xué)和生物科學(xué)教授，他的團(tuán)隊(duì)將使用德克薩斯大學(xué) MD 安德森癌癥中心同事提供的單細(xì)胞 DNA 數(shù)據(jù)。他們希望揭示癌癥突變的進(jìn)化樹，最終可以幫助改進(jìn)對(duì)患者的治療。
“我在進(jìn)化生物學(xué)方面做了很多與癌癥無(wú)關(guān)的工作，”Nakhleh 說(shuō)。“但我們解決這個(gè)問(wèn)題的方法是進(jìn)化的，因?yàn)槲覀冋谘芯课覀冎缽淖嫦燃?xì)胞進(jìn)化而來(lái)的細(xì)胞。癌癥是由細(xì)胞中的單核苷酸變異和拷貝數(shù)畸變等突變引起的，但當(dāng)該細(xì)胞的后代發(fā)生自身突變時(shí)，往往會(huì)出現(xiàn)并發(fā)癥。
“因?yàn)樗鼈儊?lái)自一個(gè)單獨(dú)的細(xì)胞，所以它們產(chǎn)生了一種進(jìn)化樹結(jié)構(gòu)，”他說(shuō)。“這非常令人興奮，因?yàn)槲覀兛梢詫⑽覀冊(cè)谟?jì)算進(jìn)化生物學(xué)方面的專業(yè)知識(shí)應(yīng)用于這個(gè)特定問(wèn)題。”
Nakhleh 說(shuō)，腫瘤中的細(xì)胞通常包含多種突變。“在一組具有突變特征的細(xì)胞中，你會(huì)看到一種聚類：一組細(xì)胞有五個(gè)特定的突變，另一組有七個(gè)等等，”他說(shuō)。
癌癥生物學(xué)家想了解這在患者的治療結(jié)果中扮演什么角色，這很難做到。現(xiàn)在我們獲得了單細(xì)胞分辨率，我們可以在更大范圍內(nèi)識(shí)別突變并將它們映射到進(jìn)化樹上。這將幫助我們了解突變發(fā)生的順序。”
標(biāo)簽： 癌癥突變
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