IRB Barcelona 的生物醫(yī)學(xué)基因組學(xué)實(shí)驗(yàn)室開發(fā)了一種計(jì)算工具，可以識(shí)別每種腫瘤類型的癌癥驅(qū)動(dòng)突變。
由同一實(shí)驗(yàn)室產(chǎn)生的這一和其他發(fā)展旨在加速癌癥研究并提供工具來幫助腫瘤學(xué)家為每位患者選擇最佳治療方法。
該研究已發(fā)表在《自然》雜志上。
每個(gè)腫瘤——每個(gè)患者——積累了許多突變，但并非所有突變都與癌癥的發(fā)展有關(guān)。由巴塞羅那 IRB 的 ICREA 研究員 Núria López-Bigas 博士領(lǐng)導(dǎo)的研究人員開發(fā)了一種基于機(jī)器學(xué)習(xí)方法的工具，該工具可以評(píng)估給定類型腫瘤中基因中所有可能突變對(duì)發(fā)展和進(jìn)展的潛在貢獻(xiàn)。癌癥。
在科學(xué)和醫(yī)學(xué)界之前已經(jīng)開展的工作中，該實(shí)驗(yàn)室開發(fā)了一種方法來識(shí)別那些導(dǎo)致癌癥發(fā)生、發(fā)展和擴(kuò)散的基因。“BoostDM 更進(jìn)一步：它模擬特定類型癌癥的每個(gè)基因中每個(gè)可能的突變，并指出哪些是癌癥過程中的關(guān)鍵。這些信息有助于我們?cè)诜肿铀缴狭私饽[瘤是如何引起的，它可以促進(jìn)醫(yī)學(xué)為患者選擇最合適的治療方法的決定，”生物醫(yī)學(xué)基因組學(xué)實(shí)驗(yàn)室負(fù)責(zé)人 López-Bigas 博士解釋說。此外，該工具將有助于更好地了解不同組織中腫瘤發(fā)展的初始過程。
該新工具已集成到由同一小組開發(fā)并旨在供科學(xué)和醫(yī)學(xué)界在研究項(xiàng)目中使用的 IntOGen 平臺(tái)，以及同樣由該小組開發(fā)的更側(cè)重于臨床的癌癥基因組解釋器。由腫瘤內(nèi)科醫(yī)生做出決策。
BoostDM 目前對(duì) 66 種癌癥的 28,000 個(gè)基因組的突變譜進(jìn)行分析。由于可公開訪問的癌癥基因組的可預(yù)見增加，BoostDM 的范圍將擴(kuò)大。
基于進(jìn)化生物學(xué)的進(jìn)步
為了確定與癌癥有關(guān)的突變，科學(xué)家們基于進(jìn)化中的一個(gè)關(guān)鍵概念，即正選擇。與那些隨機(jī)發(fā)生的突變相比，在不同的樣本中發(fā)現(xiàn)了更多的促進(jìn)癌癥生長和發(fā)展的突變。
“我們的前提是我們只能觀察到一些突變，因?yàn)榫哂羞@種突變的腫瘤細(xì)胞指導(dǎo)腫瘤的發(fā)展，我們質(zhì)疑是什么將這些突變與其他可能的突變區(qū)分開來，”博士后研究員 Ferran Muiños 博士說。作品的共同第一作者。“手動(dòng)進(jìn)行這種分析會(huì)非常費(fèi)力，但有一些計(jì)算策略可以系統(tǒng)地有效地組織它，”他補(bǔ)充道。
標(biāo)簽： 機(jī)器學(xué)習(xí)
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