研究人員引入了“sci-Space”,這是一種空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的新方法,可以在比以前的方法大得多的尺度上保持單細胞分辨率和空間異質(zhì)性。他們使用他們的方法在發(fā)育 14 天時構(gòu)建了小鼠胚胎整個部分的單細胞圖譜。單細胞 RNA 測序方法在理解生物體和復(fù)雜組織如何發(fā)育方面取得了巨大進步。
盡管細胞的空間組織是正常發(fā)育、穩(wěn)態(tài)和病理生理學(xué)的核心,但許多單細胞 RNA 測序方法丟失了有價值的上下文空間信息。那些保留細胞之間空間背景的可能僅限于一組特定的基因和/或一個小的組織區(qū)域。為了克服這些挑戰(zhàn),Sanjay Srivatsan 及其同事開發(fā)了 sci-Space,一種空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法,它保留了單細胞分辨率,同時還可以在更大尺度上解析細胞的空間背景。斯里瓦贊等。的方法使用條形碼寡核苷酸網(wǎng)格 - 合成 DNA 的短單鏈 - 可以從載玻片轉(zhuǎn)移到覆蓋的冷凍組織切片的細胞核。這組作者說,sci-Space 允許獲得每張幻燈片上數(shù)千個細胞的空間起源和轉(zhuǎn)錄組。為了展示他們的新技術(shù),Srivatsan等人。將 sci-Space 應(yīng)用于開發(fā)小鼠胚胎。通過捕獲近 120,000 個細胞的空間坐標和整個轉(zhuǎn)錄組,作者組裝了一個全天 14 天小鼠胚胎切片的空間分辨單細胞圖譜,并揭示了各種細胞類型(包括分化神經(jīng)元)的空間表達基因。
標簽: 單細胞
免責聲明:本文由用戶上傳,如有侵權(quán)請聯(lián)系刪除!