研究人員建立乳腺癌細(xì)胞內(nèi)相互作用網(wǎng)絡(luò)

HSE大學(xué)的研究人員已經(jīng)確定了在乳腺癌轉(zhuǎn)移中起關(guān)鍵作用的基因。研究結(jié)果發(fā)表在《PLOS ONE》雜志上。

每個人類細(xì)胞都包含大量的各種分子：DNA，RNA，蛋白質(zhì)等。相互相互作用的分子的基本類別之一是microRNA，以及它們的靶基因和轉(zhuǎn)錄因子。MicroRNA是小分子，可以直接降低靶基因的濃度(表達(dá))，而轉(zhuǎn)錄因子既可以增加也可以減少MicroRNA和基因的表達(dá)。在健康的細(xì)胞中，這種相互作用對于正常操作是必不可少的，而在癌細(xì)胞中，某些相互作用會“被破壞”，從而使腫瘤得以擴(kuò)散并無法進(jìn)行治療。

生物學(xué)和生物技術(shù)學(xué)院的專家Stepan Nersisyan和Alexander Tonevitsky以及他們來自Lomonosov MSU(Alexei Galatenko，Vladimir Galatenko)的同事，已經(jīng)開發(fā)出一種算法，可以重建癌細(xì)胞中細(xì)胞間相互作用的網(wǎng)絡(luò)。他們使用該程序檢測導(dǎo)致乳腺癌轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵分子。

他們應(yīng)用機(jī)器學(xué)習(xí)方法來建立一個模型，該模型建立microRNA，它們的靶標(biāo)和轉(zhuǎn)錄因子的相互作用網(wǎng)絡(luò)。該程序的一個關(guān)鍵特征是它能夠集成不同的數(shù)據(jù)源，包括各種相互作用數(shù)據(jù)庫和樣品集中(例如，在實際腫瘤中)所研究分子的表達(dá)譜。該程序可以在線獲取給任何有興趣的人。

作者使用乳腺癌相互作用網(wǎng)絡(luò)來檢測導(dǎo)致乳腺癌轉(zhuǎn)移的最重要分子。反過來，轉(zhuǎn)錄因子E2F1卻是許多標(biāo)記基因的關(guān)鍵調(diào)控因子，其表達(dá)有助于研究人員高精度地預(yù)測患者是否會發(fā)生轉(zhuǎn)移。

``我們提出了一個假設(shè)，即已建立網(wǎng)絡(luò)中最活躍的分子可以包含預(yù)后信息：如果在出現(xiàn)初始腫瘤后它們出現(xiàn)問題，那么大量相互作用的破壞可能會增加轉(zhuǎn)移的可能性。初步結(jié)果表明這一假設(shè)已得到證實。此外，已鑒定出的預(yù)后基因中有很大一部分與單個分子-E2F1的活性直接相關(guān)，”HSE國際微生理系統(tǒng)實驗室的初級研究員Stepan Nersisyan指出。

標(biāo)簽： 乳腺癌細(xì)胞