由范德比爾特大學醫(yī)學中心生物統(tǒng)計學家團隊建立的一個名為 Cancer-Immu 的新數(shù)據(jù)門戶可以幫助癌癥臨床醫(yī)生和研究人員預測哪些患者會對免疫檢查點抑制劑產(chǎn)生反應。Cancer-Immu 擁有來自 16 種癌癥類型的 3,652 個樣本的數(shù)據(jù)，是探索免疫基因組連接的最大的免疫檢查點阻斷相關數(shù)據(jù)門戶。
該團隊在 12 月 13 日發(fā)表于癌癥研究的論文中提供了有關開放訪問門戶的詳細信息。Cancer-Immu 整合了大規(guī)模多維組學數(shù)據(jù)，包括遺傳、批量和單細胞轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組和動態(tài)基因組圖譜。它還整合了臨床表型。
雖然免疫檢查點抑制劑可以挽救一些癌癥患者的生命，但大多數(shù)患者對免疫療法沒有反應。研究人員正在努力識別預測反應的生物標志物，Cancer-Immu 為解開免疫基因組連接提供了一個全面的功能門戶。
“它提供了對免疫原性數(shù)據(jù)的便捷訪問，并使研究人員能夠?qū)⒔M學數(shù)據(jù)集轉(zhuǎn)化為生物學見解和臨床應用，”VUMC 生物統(tǒng)計學系主任、癌癥研究和癌癥研究中心 Harold L. Moses 主席 Yu Shyr 博士說。該論文的資深作者之一。根據(jù)生物統(tǒng)計學副教授和該論文的另一位資深作者 Qi Liu 博士的說法，“與具有免疫檢查點阻斷反應結(jié)果的現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫相比，Cancer-Immu 涵蓋了最多數(shù)量的數(shù)據(jù)集和組學數(shù)據(jù)類型。”
數(shù)據(jù)門戶中的癌癥類型包括黑色素瘤、非小細胞肺癌、轉(zhuǎn)移性尿路上皮癌、腎細胞癌、膀胱癌、神經(jīng)膠質(zhì)瘤、結(jié)直腸癌、頭頸癌、食管胃癌、原發(fā)性不明的癌癥、胃癌、乳腺癌、肝細胞癌、前列腺癌、基底細胞癌和非黑色素瘤皮膚癌。
借助 Cancer-Immu 門戶，臨床醫(yī)生和研究人員可以上傳和分析他們自己的數(shù)據(jù)或同時與現(xiàn)有數(shù)據(jù)進行共同分析。他們可以使用薈萃分析或泛癌分析。該門戶網(wǎng)站收集了三種組學數(shù)據(jù)：遺傳、轉(zhuǎn)錄組學和單細胞數(shù)據(jù)。泛癌模塊將多個數(shù)據(jù)集聚合為一個，增強了對稀有特征的檢測和分析。生物統(tǒng)計學家在研究中指出，雖然薈萃分析(針對同一問題的獨立研究的統(tǒng)計評估)未能檢測到顯著的基因突變，但泛癌分析(對多種癌癥類型進行更廣泛的評估)檢測到 182突變基因與免疫檢查點抑制劑顯著相關。
“Cancer-Immu 有助于解決評估已知生物標志物的功效和發(fā)現(xiàn)新特征的不足和挑
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